2002年10月，南通站开工建设。

首列和谐号动车组驶入南通火车站（2015年12月27日）

2003年，南通站办理货运。

2004年7月1日，南通站开办客运。

2005年11月18日，原中华人民共和国铁道部批复，南通站推倒重建。

2007年4月18日，南通站经改扩建后重新启用。

2015年12月27日，由南京站始发的D55703次动车停靠在南通站，成为在南通站停靠的首列动车组列车。

2016年5月15日，南通站正式开通运营动车组列车。

2019年11月26日，南通站启用电子客票。

2020年6月20日起，南通站全面实施电子客票； 7月1日，南通站开通经由沪苏通长江公铁大桥至上海的城际动车组列车。

2020年，开通“铁路e卡通”。

●设计理念

南通站设计图

南通站造型取“大鹏展翅”之意，表达城市之门的寓意，象征南通站为南通市的外部枢纽，也表达了南通作为区域的江海门户、交通枢纽地位。

●设计参数

截至2016年5月，南通站站房总建筑面积11740.6平方米，其中，候车面积3696.6平方米，综合厅1289平方米，售票厅369平方米。站前高架桥长312.76米。站台设500米长无站台柱雨棚，无站台柱雨棚钢结构覆盖面积34737平方米，进站天桥和出站地道1处。

南通站站房采用了钢管混凝土柱、型钢混凝土梁、大面积玻璃幕墙结构和大跨度弧线形钢桁架结构。照明采用智能时控；中央空调采用地源热泵系统，制冷采用球形喷口和旋流风口送风，制热采用地板辐射采暖。

南通站内景

截至2016年5月，南通站站房采用对称式布置，总平面呈“一”字形，中轴对称，庭院式布局，以广厅和候车厅为中心，东西两侧依次对称布置行包库、车站办公及设备用房、贵宾候车室、售票厅。售票厅设14个售票窗口。

南通站设普通、母婴、软席、贵宾4个候车室，广厅、母婴、残疾人、软席候车室及基本站台候车室布置在一个大空间中。广厅内设自动扶梯2部、楼梯2部与二层候车室相通，母婴候车室及软席候车室亦各设1部楼梯、1部垂直电梯与二层候车室相连，贵宾候车室设1部垂直电梯与二层连接。候车室两侧布置了室内庭院，庭院顶部设采光天窗，同时候车空间两侧均为玻璃幕墙，并引入室内绿化。

南通站一层候车厅与基本站台相连，二层候车室通过进站天桥与二、三站台联系。基本站台通过楼梯下至出站连廊，二、三站台通过出站地道与地下出站厅联系。出站厅设在地下一层，通过连廊与出站地道连接。

截至2016年5月，南通站站台规模为3台7线，其中正线1条，到发线6条，基本站台1座，中间站台2座。主要途经线路为宁启铁路。

截至2016年12月，南通站售票大厅共有8台自动售取票机，已开通现金、银行卡、支付宝扫码支付购票功能。

●公安制证

南通站提供办理临时身份证，需在公安制证窗口办理。

2016年5月-2017年5月，南通站累计发送旅客273万人次，其中，动车发送旅客134万人。

截至2017年3月，南通站公交站台位于站台广场的西侧，途经南通站的市内公交线路共有8条。

南通站的正式开通，对改善苏中、苏北地区对外交通条件，加速江苏腹地经济发展，完善华东铁路网建设，方便苏中、苏北群众出行，具有重要的意义。（龚雯 评）