1908年，车站始建，初称尧化门编组站。

1969年11月至1973年5月，尧化门编组站扩建为纵列式三级四场驼峰编组站。

1978年，更名为南京东站。

1986年8月，南京站至南京东东站开建第二复线，其中，兴卫村至南京东段于1988年12月建成开通使用。

1988年，南京东站兴建下行编发场，原下行编发线并入分类线内，以解决驼峰解体能力不足问题。

1991年12月，下行编发场建成投产，完成土石方26万立方米，共铺轨9.8千米，铺岔29组；同时又新建峰下第三制动位调速系统，采用小缓行器，实行半自动化，亦于1991年12月竣工 。

南京东站位于江苏省南京市栖霞区尧化街道高庙90号，附近为丘陵 。车站在京沪铁路上，距北京站1142.3千米，离南京站10.2千米，距上海站291.2千米。在宁铜铁路上，离铜陵西站199千米。

南京东站

南京东站整体站场长度达8千米以上，站线126股，线路总长120千米，道岔422组。

南京东站到达场南侧为南京东机务段，编组场头部南侧为南京东车辆段 。

客运：不办理客运营业

货运：仅办理整车路用货物发到

1986年，日均办理车数为12096辆，日均驼峰解体84.6列，日均接发列车257.9列。

1988年，日均办理车数已达13155辆，驼峰解体日均为89.4列，办理到发列车为272.4列，分别比1986年增长8.8%、5.7%和5.6%。

1992年，日均办理车数已达14962辆，驼峰解体99.3列，接发列车304.5列，分别比1986年增长23.7%、17.4%和18.1%。

1995年，日均办理车数17748辆，列全路主要编组站第四位 。

南京东站日均办理车数达到17000多辆，接近100多趟列车，年货物到发量600.3万吨。

南京东站是中国日办万辆以上的特大铁路编组站之一，被誉为华东地区最大的铁路列车加工厂。

南京东站是华东重要编组站之一，承担京沪、宁铜、宁启、宁西4条铁路货运列车解体、编组任务。